В 1881 году Особым совещанием были определены основные направления строительства флота и предложена кораблестроительная программа на 20-летний период до 1902 года. В его решениях значилось, что «первой заботой по восстановлению морских сил должно быть возрождение Черноморского флота, а потом уже и развитие флотов на других морях». Со временем, учитывая политические изменения, больший приоритет получили Балтийский и Тихоокеанский театры, тем не менее для Черноморского флота предусматривалось построить 8 эскадренных броненосцев, 2 крейсера, 19 миноносцев и ряд других кораблей и судов. 14 июня 1883 года в Николаеве начались стапельные работы на первом броненосце возрождающегося Черноморского флота «Екатерина II», а 25 сентября 1884 года в Севастополе на вновь построенных стапелях адмиралтейства РОПиТа были заложены еще два однотипных корабля — «Чесма» и «Синоп».

Броненосный корабль «Чесма» в день спуска на воду, 6 мая 1886 г. Фотография из книги В. В. Арбузова «Броненосцы типа «Екатерина II».

Тем временем Севастополь постепенно превращался в полноценную базу флота, приобретая необходимые объекты инфраструктуры. В августе 1881 года для нужд военного ведомства и адмиралтейства был введен в строй первый водопровод, началось строительство зданий военного порта, причалов, казарм и многочисленных складов. 10 января 1883 года приступили к работам по постройке нового большого Западного (или Алексеевского) дока длиной более 180 м. Руководил ими инженер полковник Алексей Николаевич Чикалев, а подрядчиком был петербургский купец 1-й гильдии С. Л. Кундышев-Володин. В основание дока было уложено 28 000 кубометров бетона, установлено более 3700 гранитных плит, металлический затвор Брянского завода и различные механизмы, общая стоимость дока составила 2 820 207 руб. Строительство Западного дока было закончено 30 апреля 1886 года, а в 1884 году начались работы по сооружению головной части Восточного (или Александровского) дока.

К этому времени в пределах Севастопольского градоначальства (по состоянию на апрель 1885 года) проживало 28 078 жителей, а численность дислоцированных здесь войск достигала 5177 человек — хотя по общей численности населения предвоенные цифры еще не были достигнуты, но в его структуре населения произошли серьезные изменения: доля гражданского населения значительно возросла, что, очевидно, было связано с развитием Севастопольского порта.

Первая половина 1885 года ознаменовалась новым кризисом в отношениях с Англией, что, в свою очередь, вызвало рассмотрение вопроса об укреплении Севастополя в особом совещании под председательством Военного министра. В постановлении от 3 мая было решено береговую оборону Южной стороны не распространять западнее Херсонесской бухты, а Стрелецкую бухту держать под сильным артиллерийским огнем и возле батареи №12 построить сильное сомкнутое укрепление; на Северной стороне добавить мортиры большого калибра; на батареях обоих берегов добавить скорострельные пушки; продолжить перестройку временных батарей в долговременные. На сухопутном фронте было решено построить восемь временных укреплений на Южной стороне и четыре на Северной, а также отдельные укрепления у Балаклавской и Камышовой бухт. Решение по сухопутному фронту выполнено не было в первую очередь по экономическим соображениям, но послужило основой для дальнейших проектов. Вместо этого по предложению командующего войсками Одесского военного округа генерала Реона силами 5-й саперной бригады была проведена фортификационная подготовка позиций и исправлены земляные береговые батареи.