Но никогда так и не принимала участия в боевых действиях. Лишь, стреляющая каждый день в полдень пушка, напоминает о предназначении крепости и о точном времени.

       Через несколько лет, после того как строительство Петропавловской крепости было завершено, она стала использоваться как тюремная крепость, главным образом, в ней находились политические заключенные. Одним из первых заключенных Петропавловской крепости стал сын Петра первого, царевич Алексей. Царевича подозревали в заговоре против отца, и вместе с теми, когда считали участниками заговора вместе с ним привезли его в крепость. В застенках Петропавловской крепости царевича Алексея долго и жестоко пытали, а после пыток казнили.

       Далее в течение всего восемнадцатого и девятнадцатого веков, в Петропавловской крепости побывали множество заключенных по политическим мотивам. В крепости многие из них подвергались пытками, некоторые были казнены. В крепости, в одной из комнат Комендантского дома находился Верховный уголовный суд, который учинял следствия и назначал приговоры заключенным Петропавловской крепости.

       Всколыхнувшие в начале девятнадцатого века царскую Россию декабристы были заключены в Петропавловскую крепость. Пятеро из них, признанные лидерами декабристского восстания выслушали свой смертный приговор в Петропавловской крепости. Эти люди всем известны, первые борцы за конституции в России Рылеев К.Ф., Пестель П.И., Муравьев-Апостол С.И., Бестужев-Рюмин М.П., Каховский П.Г.

       Знаменитыми узниками Петропавловской крепости были и русские классики, Чернышевский, Герцен. В 1849 году , будучи 28-летним начинающим писателем, в Петропавловскую крепость был доставлен Ф.М. Достоевский. Федор Михайлович был посажен в Петропавловскую тюрьму вместе с другими людьми. Проходившими по делу Буташевича - Петрашевского. Вскоре после разбирательства Достоевский был освобожден.

       До революции 1917 года одними из последних узников Петропавловской крепости стали солдаты Павловского полка, которые в февральскую революцию пошли против царской власти. Правда они были скоро, в конце февраля освобождены, так как гарнизон Петропавловской крепости восстал. После большевистской революции 1917 года, в крепость были помещены члены временного правительства.

       Помимо тюремных функций, в Петропавловской крепость являлась еще и усыпальницей русских императоров. Могилы русских царей упокоятся в Петропавловском соборе. Первая их них могила Петра 1, которая украшена полковыми знаменами тех полков, которые вместе с Петром громили шведов во время Северной войны 1700-1721 годов. Помимо императоров в усыпальнице похоронены и великие князья. Все саркофаги, под которыми покоятся царственные особы, выполнены из белого мрамора.

       Иначе украшены могилы императора Александра Второго, и его супруги Марии Александровны, урожденной принцессы Гессен-Дармштадской. Дело в том, что рабочие заводов Урала. В благодарность за отмену крепостного права, привезли с Урала цветную уральскую яшму и родонит, и украсили этими каменьями могилы императора с супругой. Возможно, это не просто памятник великому русскому царю, это памятник людской благодарности.

       Последним, через много лет после своей смерти, в 1998 году в приделе Святой Екатерины, был захоронен последний император России, Николай Второй, и члены его семьи, расстрелянные большевиками в Екатеринбурге в июле 1918 года.

       С начала двадцатого века. А точнее с 1924 года В Петропавловской крепости открылся музей. Вся территория крепости стала музеем, а ее берега общегородским пляжем. Посетители и туристы первыми для просмотра могли видеть Собор Петропавловской крепости и бывшую тюрьму Трубецкого бастиона. Сейчас на территории Петропавловской крепости размещена дирекция и основные павильоны музея истории Санкт-Петербурга. Петропавловская крепость вся дышит прошедшими со дня ее закладки веками, везде ощущается присутствие великих людей, побывавших в ней. Петропавловская крепость неповторимый и исключительный музей, которому совсем немного равных в мире.